□ 2006年5月31日にFA権を取得。本人は「これを機に他球団の評価も聞いてみたい」と語った。

父に「巨人にだけは負けてはならない」と言われ続けたこともあってか黒田本人は生来の巨人ｷﾗｰであり、黒田自身も巨人戦に登板すると「燃える」としている。そのためﾎﾟｽﾃｨﾝｸﾞ移籍を希望していた松坂大輔や井川慶の穴を埋める投手として、西武や阪神が積極的に触手を伸ばす。また、資金力が豊かなｿﾌﾄﾊﾞﾝｸが積極的な獲得姿勢を示し、同年FA宣言した小笠原道大中心に動いていたが中日と巨人も意思は示したとされる。

広島球団はこれまで、年俸高騰の理由からFA権を行使しての残留を一切認めておらず（これはかつて同ﾁｰﾑの主砲を務めていた金本知憲（現・阪神）本人から相当譲歩したFA残留条件に対しても例外ではなかった）、宣言選手は引き止めないという方針であった。しかし、脆弱な投手陣が下位低迷の大きな原因となっている中で、安定した成績を残している大黒柱の黒田が去る事になれば、ﾁｰﾑにとっては死活問題になるため、今回ばかりは黒田が宣言をしても残留交渉に動くということで注目され「5年10億円」契約提案説などが出ていた。

10月15日、球団は「4年10億円+生涯保障、指導者手形」という条件を提示。本格的に何が何でも黒田を引き止める方針であることを明らかにした。年俸だけを単年ﾍﾞｰｽでみると、1年2億5000万円であり、2006年の年俸が2億円であることから、ﾀｲﾄﾙ奪取などの活躍とFA宣言をもってしても5000万円のみの昇給で、以後3年は現状維持だが、ｶｰﾌﾟで従来2億円超えを経験した選手は前田智徳と金本知憲のみであり、破格の条件と言えた。そして2006年11月6日に4年契約12億円（基本年俸2億5000万円+単年最大5000万円の出来高込。当初の条件に出来高を上乗せしている）でFA宣言せずそのまま広島に残留することを表明した。

なおこの契約は、4年の契約期間内でも自由にﾒｼﾞｬｰﾘｰｸﾞ挑戦できるようになっていた。また黒田は「今後も国内他球団の移籍はない」と明言して、国内なら「生涯広島」を宣言した。経営資源に劣る広島球団側にはじわじわと条件を上げつつ説得という選択肢しかなかったとは言え、経営健全化に取り組むチームが増える中でもとかくインフレ的条件の乱れ飛びがちなFA戦線にあって異色の結果となった。

FA権を行使せずに残留を決めたこと、残留会見での発言（「僕が他球団のﾕﾆﾌｫｰﾑを着て、広島市民球場でｶｰﾌﾟの選手を相手にﾎﾞｰﾙを投げるのが自分の中で想像がつかなかった」「僕をここまでの投手に育ててくれたのはｶｰﾌﾟ。そのﾁｰﾑを相手に僕が目一杯ﾎﾞｰﾙを投げる自信が正直なかった」）は各方面に主に好意的な反響を呼んだ。また、2006年の選手会のﾍﾞｽﾄｴﾋﾟｿｰﾄﾞ賞に選ばれ、黒田の野球用具を担当するSSKは、社を挙げて黒田をｷｬﾝﾍﾟｰﾝすることを決定した。そして市民に感動を与えたことが評価され、広島市は「広島市民表彰」を黒田に授与すると発表した（球団4人目）。

2006年ｼｰｽﾞﾝ終盤、FA移籍の情報が各ｽﾎﾟｰﾂ紙を賑わせてる真っ只中、長いｶｰﾌﾟの低迷と共にﾌｧﾝの熱も冷めてしまったと評されたﾌｧﾝが動き、完成させたのが広島市民球場外野席に突如現れた巨大横断幕である。それには多くのﾌｧﾝからのﾒｯｾｰｼﾞ、そして大きな文字で「我々は共に闘って来た 今までもこれからも･･･ 未来へ輝くその日まで 君が涙を流すなら 君の涙になってやる Carpのｴｰｽ黒田博樹」と記されていた。さらに黒田のｼｰｽﾞﾝ最終登板試合には満員のﾌｧﾝが黒田の背番号15の赤いﾌﾟﾗｶｰﾄﾞを掲げ球場を赤色に染め上げた。「あのﾌｧﾝの気持ちは大きかった」と黒田も述べていた。この一連のｴﾋﾟｿｰﾄﾞは2007年7月に『誰がために?黒田博樹物語?』（漫画：吉原基貴、原案協力・取材：戸塚啓）として漫画化され、ﾔﾝｸﾞｱﾆﾏﾙ（白泉社）に掲載された。

2007年日本ｼﾘｰｽﾞ終了後の10月18日、FA権を行使する事を明らかにした。MLB球団は以前から黒田をﾏｰｸしており、特にﾃｷｻｽ・ﾚﾝｼﾞｬｰｽﾞはGMが興味を示した発言をしていた。ｼｱﾄﾙ・ﾏﾘﾅｰｽﾞも2006年ｵﾌ、松坂争奪戦に加わる様に見せて、黒田を水面下で狙っていたと言われている。2007年ｼｰｽﾞﾝ終盤に再び黒田のﾒｼﾞｬｰ移籍がｽﾎﾟｰﾂ紙で囁かれ始め、財政難の球団を助けるためﾎﾟｽﾃｨﾝｸﾞ制度による移籍を推測する声もあったが、結果、自分で自由に移籍先を選択できるFA宣言での移籍を選択した。

12月1日、鈴木清明球団本部長へ退団を申し入れ、ﾒｼﾞｬｰﾘｰｸﾞのﾁｰﾑへ移籍する事を明らかにした。その一方で記者会見では「評価されるのもｶｰﾌﾟのおかげで、また日本に帰ってﾌﾟﾚｰするならこのﾁｰﾑしかない」とも語っており、将来日本球界に復帰する場合は広島に戻ってくる事も示唆している。

12月15日、ﾛｻﾝｾﾞﾙｽ・ﾄﾞｼﾞｬｰｽと3年3,530万ﾄﾞﾙで契約を結んだことをAP通信が明らかにした。これにより、ｶｰﾌﾟ初の日本人ﾒｼﾞｬｰﾘｰｶﾞｰ誕生となった。背番号は18（なお会見場で08番を着けていたがこれは18のﾕﾆﾌｫｰﾑが間に合わなかったためであり、ﾏｲﾅｰ契約された日系ｱﾒﾘｶ人ﾛﾊﾞｰﾄ・ﾌﾞｰｽが先に背番号08番を着けた）ﾄﾞｼﾞｬｰｽから提示された条件は4年契約だったが、ｶｰﾌﾟに復帰することも視野に入れた黒田は契約を3年に短縮することを球団側に申し出た。選手から契約短縮を申し出るのは異例である。

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